試掘調査で得られた土層の堆積状況を参考にして、大型の重機（ショベルカー）によって、耕作土・建物の基礎など、人為的に混ぜられた近現代の土層を丁寧に取り除きます。

また、引き続き重機を用いて、『遺物を多量に含む土層の上面』、あるいは『遺跡の存在する深さ』まで慎重に掘り下げていきます。

重機の進入が困難な場所では、この作業を人力で行うこともあります。